1. R Markdown とは

  • R Markdown とは「R と Markdown が結合されたもの」
  • Markdown とは John Gruber と Aaron Swartz が2004年に提案した Markup言語
  • R Markdown を使うと、コード、実行結果、説明文を同時に文書化できる

RStudio 上でR Markdown を使う利点

  • 分析する際の「着想」「分析コード」「分析結果」「考察」など一連のタスクを一つのファイルに残せる
    →　分析手順の再現ができる
    →　分析手順を確実にたどることができる
    →　「記憶違い」など分析上のヒューマンエラーを極小化できる
    ・出力形式：HTML, PDF, MSWord, PowerPoint など
    ・授業では HTMLでの出力を推奨

R Markdown とは何か？
・Markup 言語、Markdown、R Markdownの違いを知るためには 2 種類のテキストの違いを知る必要がある

2 種類のテキスト　　

1. プレーンテキスト（plain text）

・書式情報などが含まれていないテキストのみで構成されている文書
・「書式情報」とは文書の余白、文字の大きさ、文字の色などのこと
・ Rmd ファイルに書き込んでいる R コードも「プレーンテキスト」
・「プレーンテキスト」の例：
- macOS の TextEdit
- Windows のメモ帳
・「プレーンテキスト」には書式設定や図表の挿入などの機能はない

2. リッチテキスト（rich text)

・書式情報や図表なども含まれる文書
・「リッチテキスト」の例：
- Microsoft Word
- Pages
- LibreOffice Writer
・リッチテキストでは書式の設定や図表・リンクの挿入などができる

Markup 言語とは

・プレーンテキストのみでリッチテキストを作成するための言語
・Markup 言語の代表的な例・・・ HTML:(HyperText Markup Language)
・html には図表があり、太字、見出し、水平線などテキスト以外の情報を含む
・html はテキストのみで書かれている
・画面を出力するためにはウェブブラウザが必要
・ウェブブラウザの一例：
- Firefox
- Chrome
- Edge
・これらのウェブブラウザがテキストファイルを読み込む
→　解釈
→　書式が付いている画面を出力する

Markdownとは

・Markup 言語をより単純な文法で再構成したもの

R Markdown とは

・Markdown に R コードとその結果を同時に載せることができる Markdown のこと

2. R Markdown の設定手順

手順 手順の内容 Steps
I. Rプロジェクト作成 :フォルダを作る（例：keiryo_2023） 1 - 5
II. Rmdファイル作成 : ファイルを作る（例：first_trial.Rmd） 6 - 10
III. Knit : ファイルを出力する（例：first_trial.html） 11 - 18

I. Rプロジェクト作成

  • Rプロジェクトを作成すること = Rプロジェクトフォルダを作成すること

Step_1:

  • RStusio を起動して File → New Project を選ぶ

Step_2:

  • Create Project の中から New Directory を選ぶ

Step_3:

  • Project Type の中から New Project を選ぶ

Step_4:

  • New Project を選ぶと、次のような画面が表示される
  • ここで Rプロジェクトフォルダを置く場所を指定する
  • Rプロジェクトフォルダをデスクトップに置くよう指定する
  • 「Browse」 をクリックする　　

　

Step_5:

  • 「Browse」 をクリックすると、次のような画面が表示される
  • 画面左側にある「Desktop」をクリック
  • 「open」をクリックする

Step_6:

  • Step_6 の画面に戻る
  • 「Directory name:」に keiryo_2023 と入れてみる
  • ディレクトリ名やファイル名では、日本語は使わない
  • 「Create Project」をクリック

　

Directory name を入力する際の注意 ・半角・英数字を使う（全角文字とスペースは使わない）
・記号はアンダーバー「-」とピリオド「.」を使う
・ハイフン「-」は使わない
・アルファベットから始める（数字や記号から始めない）

Step_7:

  • 画面の右上端の「keiryo_2023」を確認
  • これが Rプロジェクトの名前

　

II. Rmdファイル作成

Step_8:

  • File → New File → R Markdown を選ぶ

　

Step_9:

  • Title: に R Markdown の使い方 と入力（ここでは日本語もスペースも ok）
  • Author: に自分の名前を入力（ここでは日本語もスペースも ok）
  • Date: に "r Sys.Date()" と入力すると、自動的に日付を付けてくれる
  • Default Output Format: にはデフォルトの HTML をチェック

  • OK をクリック

Step_10:

  • これで Rmd ファイルができた
  • Rmd ファイルの名前は Untitled1

III. Knit

  • 「毛糸を編む (knit)」→ 「文字を編んで出力する」という意味

Step_11:

  • 毛糸のアイコンが目印の Knit をクリックする

Step_12:

  • ここでは Rmd ファイルに名前を付ける
  • これは Step6 と同様、日本語は使えない
  • ディレクトリ名やファイル名では、日本語は使わない
  • Save As: に first_trial と入力
  • Save をクリック

Save As: に入力する際の注意 ・半角・英数字を使う（全角文字とスペースは使わない）
・記号はアンダーバー「-」とピリオド「.」を使う
・ハイフン「-」は使わない
・アルファベットから始める（数字や記号から始めない）

注意：
first_trial.Rmd が出力される際、Step_13 と Step_14 の 2 つのケースが想定される

  • Step_13 のように表示された場合 →　Step_16 に進む
  • Step_14 のように表示された場合 →　Step_15 の指示に従う

Step_13:

  • 四分割された画面の右下に出力が表示される（これが first_trial.html）

Step_14:

  • 下のような画面が RStudio とは別画面の html で開かれる